学校创建于1960年，由浦东新区社发局主办，自1996年起，由浦东新区社发局委托上海海事大学承办。2008年，原上海市高桥职业技术学校正式更名为“上海海事大学附属职业技术学校”，并由浦东新区社会发展局和上海海事大学合作共建。 海大职校前身为高南农业中学，成立于1960年9月，校址为陆家堰的杜家祠堂（原杨家宅小学校址），有六个班。1970年9月，高南农中与育民分校合并，成立公办高南中学。高南中学从1981年改制为高桥职业技术学校。1994年，引入了大学二级管理模式，把所有专业归类，分成三大专业组，即经济类专业组、机电类专业组、旅游类专业组，实行二级管理——职业学校中一大特色。1996年6月起，上海海运学院承办高桥职校。2004年学校现代物流专业被上海市教委认定为上海市中等职业学校重点专业，2005年学校现代物流实训中心被上海市教委认定为上海市首批开放实训中心建设单位之一。2006年学校数控技术实训中心被上海市教委认定为上海市开放实训中心建设单位之一。