北大附中新疆分校作为新疆维吾尔自治区人民政府立项，北大附中与昌吉州人民政府联合办学，是一所新型的全寄宿制完全中学。在北大附中新疆分校的创办过程中，得到了新疆维吾尔自治区党委、政府主要领导的亲切关怀，得到了国家教育部和北京大学的大力支持和帮助，在自治区党委书记王乐泉和国家教育部原部长陈至立的直接关心下，于2002年10月10日正式建立。