重庆市清华中学渊源于清华大学，创建于1938年。因筹办者和主要任课教师均系清华大学校友，经清华大学校政当局和校友总会同意，学校命名为重庆清华中学，首任校长傅任敢先生亦为清华大学校长梅贻琦先生委派。解放后学校由政府接办，更名为“重庆市第九中学”，1984年恢复“重庆清华中学”校名，全国政协主席邓颖超同志亲笔题写校名。1982年学校列为四川省首批重点中学，1999年被确认为重庆直辖后首批市级重点中学，2000年被评为“重庆市最佳文明单位”，2006年被教育部批准为“中外合作办学项目学校”，2007年被国家汉办、重庆市教委批准为“汉语国际推广基地学校”，被国家环保总局、教育部命名为“全国绿色学校”;2009年7月，学校被中宣部等十部委评为“全国青少年文明礼仪教育示范基地”;2009年9月，学校荣获“重庆市森林校园”光荣称号。目前，著名数学家、中科院院士王元先生担任重庆市清华中学首席顾问，研究员级教师尹先国同志担任重庆市清华中学校长、党委书记。