连州市二中创办于1957年，原名连州镇民办初级中学，校址先后设于连县总工会和天主堂，1958年冬，校名改为连州镇中学，校址先后搬至批杷山和城隍街小学，后又搬回县总工会和天主堂。1963年9月迁双喜山，校名改为连州镇第一中学。“文革”期间，曾先后改名连州镇东方红中学和连州镇“五七”中学，1978年恢复称连州镇第一中学，1994年撤县建市，改校名为连州市第二中学。2008年因教育资源整合，学校由连州双喜山校址迁至现校址：连州镇南津路12号（原连州师范）办学；学校占地面积100多亩，校园内绿树成荫，环境优美，是连州市直属高级中学、清远市一级学校。