宁师中学前身是始建于1978年的宁都县第二中学高中部。2005年9月，宁都县第二中学高中部迁至宁都县第三中学，并于同年开始招收新生。2006年8月升格为县直属一级事业单位，2009年上半年宁都三中被省教育厅评估为“省重点建设中学”。2011年，根据县里关于建设“两重一普”的新教育格局的构想，决定将宁都县第三中学高中部和宁都五中高中部合并成为一所高级中学。因为学校地址为原江西省宁都师范学校（江西教育学院赣南分院）校址，故命名为宁师中学。