高中部地处学校中心广场北侧，自然环境得天独厚，教学设备设施按国家一类标准配备，是舟山市教学设施最先进的学校。办学八年来，坚持 的教育理念，以质量求生存，以教研求发展，以特色求声誉，致力于构建人文精神与科学精神相结合、充分发展学生个性特长、挖掘学生潜能的新课程体系，形成了优势现代化设备设施条件下具有寄宿制特色的南海办学模式。 学部现有19个教学班，937名在校学生。拥有一流的师资队伍，共有专任教师62人，其中有全国著名特级教师、省功勋教师和市级学科带头人6名，高级教师37名，占教师比例的59.7%。这支结构合理、教育能力强、敬业爱岗的教师队伍，专心于业务研究，加强学科竞赛辅导和研究性学习，办学以来，取得了优异的成绩。2003年到2008年在浙江省数学、物理、化学、生物等各类学科竞赛中，三次荣获浙江省化学竞赛团体优胜奖；7年来共有350余名学生在市级以上各级各类竞赛中获奖，其中8人次获全国级奖，16人次获省一等奖，30人次获省二等奖，超过了多所省重点中学。自2004年参加普通高校招生考试以来，共有455人进入重点大学，平均重点率46.55%，名列全市一级重点中学前茅。其中2008年参加高考的二百余名学生，重点上线人数131名，重点上线率稳居全市第二名，比第二名学校高出5个百分点，本科上线率93.66%。