阿拉善蒙古族完全中学的前身是阿左旗第二中学，始建于1956年，2000年12月，根据盟委阿拉善蒙古族完全中学、行署优化教育资源，调整学校布局，适度收缩，相对集中的办学思路，原阿盟民族中学、阿左旗第二中学、阿拉善盟重点业余体校三校合并，成立了新的阿拉善盟民族中学，成为全盟唯一的一所蒙古族完全中学。