额济纳旗中学发轫于1958年的额济纳自治区旗小学初中班，1959年搬迁至建国营，新成立了蒙汉两个初中班，1960年在现在的校址上建成，同年10月24日，举行了落成典礼。1996年首批通过自治区“两基”达标验收，2007年通过国家“两基”督导检查。2005年，旗委、政府实施教育教育资源整合和教育人事制度改革，修缮了校舍，增设设施，实行了全员聘任，连续4年从区内外高校新聘了20余名统招本科大学生，学校硬件、师资条件有了极大地改善。校徽学校现有21个教学班，900多名在校生，教职工73名，教学设施齐全，师资力量雄厚。多年来，该学把教育教学置于一个宽广深远的背景下，着眼于学生人生发展的深层内容做文章，拓展了教育教学的境界，形成了几个鲜明的特色。 2012年7月搬迁到新校区。新校区占地9.2万平方米，规划建筑面积3.2万平方米，现已完成建筑面积2.3万平方米。全部教室配备了交互式电子白板，图书室藏书达到5万余册，配备了天文台系统。