第三军医大学高原军事医学系组建于1999年9月，是世界上唯一专门从事高原医学教学科研的高校院系，前身是学校1951年的进藏医疗队。下设高原生理学与高原生物学教研室、病理生理学与高原病理学教研室、高原卫生学教研室、军事医学地理学教研室、高原特需药品与卫生装备研究室和高原医学教学实验中心等6个科室。 在几十年积淀的基础上，10多年来，全系教职员工按照“紧贴高原、聚焦战场、保障打赢”的要求，瞄准国家军队重大战略需求，推进学科人才建设，深化教育训练改革，加强科学技术研究，构建完整人才培养体系，打造了高原医学学科体系和亚洲一流的技术支撑平台，形成了一支忠诚高原医学事业、勇于开拓创新的学科人才团队，凝练了“立身高远、为学高山、服务高原、献身高危”的精神理念和“做平原上的高原人，攀军事医学最高峰”的核心价值，获得了以国家科技进步一等奖、军队教学成果一等奖为标志的一大批成果，成为教育训练、科技创新、卫勤保障、为军服务四位一体不可或缺的重要力量,为提升我军重要作战方向军事斗争卫勤保障能力和维护国家安全提供了有力的战略支撑。 教育训练特色鲜明 编写出版了国际首部《高原军事医学》专著和国内外唯一的高原医学专业系列教材和系列任职培训教材，以及适用于高原部队健康教育的科普读物和光盘。构建了高原医学学科体系、人才培养体系和专业课程体系，建成了专业教学资源库和相关学科网站，完善了高原军事医学4个层次的专业教学体系。1999年成为博士点，2000年成为博士后流动站，2004年增列为国内唯一的高原医学专业博士授权点，拥有军医大学唯一后方专业勤务博士授权点，是全国唯一招收培养高原医学本科生的教学单位。成功构建了学历教育与任职教育并重，“课堂教学、实验教学、高原现场教学、野外训练和军事医学综合演习”五位一体特色教学模式。先后培养本专科生1337名、研究生619名、任职学员3000余人、卫生士官2500余人，毕业学员部队满意率达95%以上。获得了以军队教学成果一等奖为代表的16项教学成果奖，20余人次被评为军队院校育才金（银）奖、“总后一代名师”、“总后优秀教师”和学校“教学明星”、“教学标兵”。