中国科学院自动化研究所成立于1956年10月，是我国最早成立的国立自动化研究机构。1968年，为加速我国空间技术的发展，自动化所整建制划入空间技术研究院，更名为空间控制技术研究所，番号中国人民解放军第五〇二研究所。1970年，根据自动化学科技术发展的需要，中国科学院重建自动化研究所。
五十多年来，自动化所为我国国民经济建设、社会进步、科技发展和国家安全做出了重要的贡献。建国发展初期，自动化所开拓了我国的控制科学，为“两弹一星”做出了历史性的贡献；改革开放年代，自动化所开创了我国模式识别智能信息处理的新领域，并在科技成果转化方面进行了积极的尝试，创立了享誉中关村的中自集团。2011年底，自动化所进入中国科学院“创新2020工程”。全所围绕科技创新、科技成果产业化、队伍建设和人才培养、体制机制改革和创新文化建设等，开展了卓有成效的创新试点，取得了显著的成效，为研究所的创新跨越、持续发展奠定了坚实的基础。
