布隆迪大学创办于1964年10月，约有100名学生。该大学的使命是为新独立国家未来的领导人和专家提供最高级的培训;根据需要进行研究，以便解决社会发展所面临的多重挑战。 大体上，布隆迪大学在许多方面延续了比利时首都大学(Belgian Metropolitan Universities)的做法。报考者为完成了高中教育的学生，并需要通过进一步的筛选。因此，从一开始，布隆迪大学就和其他非洲大学一样继承了欧洲中世纪的传统，成为学者的象牙塔或城堡，仅有被挑选的少数人才允许进入，通过外语接受秘传的知识，跟周边环境中日常的社会经济和文化现实、日常生活相隔很远。总的来说，该校院系从1964年的4个发展到1990年的13个，独立后最显著的变化是规模的扩大、学科的增加和学位课程的增强。同时， 4年全日制的学位课程也已建立。
