南头中学前身为兴建于1801年的凤岗书院，至今已有200年历史。1906年改名为凤岗学校，课程不只四书五经，还开设了近代自然科学和社会科学。 民国初年，凤岗书院又改名为宝安县第一高等小学，学生200人。1926年扩办初中班，1928年改名为宝安县立第一初级中学，有来自宝安县、东莞县和香港新界的学生400余人。 南头中学有着光荣而悠久的革命传统。正值宝安县建党时期的1924年秋天，广州农民运动讲习所学生、共产党员黄学增等三人来到宝安，在燕川一带发展了宝安县第一批共产党员。1926年初，中共宝安县委成立，县委机关设在南头城关的郑氏宗祠，以南头城为中心的农民运动风起云涌，近在咫尺的宝安县第一高等小学师生深受革命熏陶。1938年10月，日寇从大亚湾登陆，放火焚烧南头城，宝安一小校舍被毁，被迫停办，一批学生参加了惠东宝抗日游击队（1943年12 月改名为东江抗日游击纵队）。1945年抗战胜利，当时的陈仲轩校长远赴美国募捐，在美华侨以桑梓赤诚，鼎力捐资修建校舍，学校得以复办，更名为宝安县立第一初级中学。 1949年10月16日南头解放后，宝一中师生以毛泽东提倡的“身体好、学习好、工作好”为准则，推行“团结、紧张、严肃、活泼”的延安作风，学校愈办愈好，名声在外。香港等地学子自古就有远赴南头凤岗书院就学的风气，解放后更是舍近求远，从新界而来的学生络绎不绝。香港沙田人、后为我国著名电影演员的谢芳，1953、1954年曾经在此就读。1958年，宝安县第一中学改名为南头中学，首届高中毕业生考上大学者达一百余人。同年，南头中学被评为粤中专区红旗学校。

2007年10月，南头中学顺利通过广东省政府教育督导室组织的广东省教学水平评估优秀学校和国家示范性高中验收确认，从而成为深圳市首批、南山区第一所挂牌的广东省国家级示范性普通高中。 南头中学师资力量雄厚，学校193名专任教师中，特级教师7人，全国优秀教师3人，省级以上优秀教师17人，深圳名师6人，市级以上优秀教师95人，省市区级学科带头人和骨干教师占教师总数的一半以上。师德高尚、素质一流、敬业爱岗的专业化教师队伍，已成为南中的一大亮点。学校还有一支专家型校级领导班子，4名校级领导，3人为特级教师，1人为深圳名师，且均有多年的教学经历和校长任职经历，具有学科带头人和专业化校长的双重素养。学校教师队伍和领导班子层次之高曾被省督导评估组认为是“罕见”的。