学校数度更名，几度易址，禀道毓德，文脉不断。茂名市第十六中学前身是于1978年在茂名市河西龙山路创建的茂名市第三中学。1983年，茂名市第三中学改办为茂名市职业高级中学，副处级编制，兼办广州航务中专和茂名建专分教点。1994年茂名市职业高级中学从茂名市河西龙山路搬迁到河东口岸街，2000年被评为全国首批国家级重点职中。2002年3月，在茂名市高级职业中学原址创办茂名市第十六中学，保留副处级编制，属茂名市教育局直接管理的重点完全中学，2005年1月被评为广东省一级学校。为促进市直属学校优质、均衡发展，提高市区学校教育质量和办学水平，2012年6月，茂名市政府决定将茂名市第十二中学与茂名市第十六中学合并为新的茂名市第十六中学，市十六中原址为南校区，原市十二中为北校区。