进入21世纪以来，学校在艺术教育上有了显著的成绩，八年来共考取本科65名，专科123名（其中大部分是美术专业）。2006年王小林调入学校任校长，他全面分析了秣陵中学兴盛时期办学经验和特色，在科学发展观的指导下，对在新形势下的办学目标，办学理念和“三风”建设带领一班人进行了深入的探讨。确定办学目标是：以人为本，重视质量，培养特长，看眼全面；“三风”建设是：校风：文明团结求实创新；教风：严情实活；学风：文明求实勤奋进取。为此，王小林校长带领一班人深入教学第一线，深入师生生活的管理第一线。抓住机遇开展各种活动对学生进行道德规范教师师德规范教育，鼓励师生顽强拼搏，为把秣陵中学办出新特色作出新贡献。在学校管理上开展人性化和制度化管理相结合。领导昼夜轮流值班，白天深入课堂了解教学情况，夜间深入宿舍，指导和支持管理员严格执行作息制度。有力克服学生夜间外出的恶习，使学校管理步入正轨。由于学校秩序谨然，教育、教学质量显著提高。2007年高考升学率71%，2008年高考升学率84%，受到了家长和社会的赞誉。由此不懈努力，一个有新特色的秣陵中学一定会悄然而生。

学校现有初中三个年级共35个教学班，1270余名学生，128名教职工。其中特级教师2人，高级教师39人，具有硕士以上学历及在读研究生的有10多人，大市级以上优秀教师20多人。教师年龄、性别结构层次科学合理，是一支理念先进、经验丰富的师资队伍。