2003年5月19日，南京交通技师学院被国家劳动和社会保障部批准晋升“南京市交通高级技工学校”。2003年6月2日经省政府批准增挂“南京交通技师学院”校牌，2014年3月经市政府批准增挂“南京交通中等专业学校”校牌。2014年11月22日市编办批复，学校更名为“南京交通技师学院（南京交通中等专业学校）”。2014年12月3日，经市政府批准，学院与南京市金陵高级技工学校签署协议，两校正式合并。