2000年5月20日，北大附中深圳南山分校诞生在雄伟的南山脚下，旖旎的珠江口左岸。它是北京大学、香港科技大学和深圳市政府三方合作的深港产学研基地的基础教育发展项目，是深圳市南山区教育局和北京大学附属中学联合创办的集小学、初中、高中为一体的寄宿制国有民办学校。北大附中深圳南山分校东依科技园，西眺伶仃洋，北出南头关，南抵蛇口港，是南山区一所全新的现代化、花园式学校。