1915年，创建的成志学校是清华附中的前身。 1939年，成志学校随清华大学南迁成为西南联大附中的一部分。 1946年，成志学校迁回北平复校，分为初中、小学两部分。 1952年，成志学校的初中部与燕京大学附属学校中学部合并，更名为清华大学附设中学。 1958年，清华大学附设工农速成中学并入清华大学附设中学。 1960年，清华大学附设中学扩建为清华大学附属中学，增设高中，初高中均面向全市招生，成为一所完全中学。 1978年，成立清华大学附属中学二部，后更名为清华大学第二附属中学，简称清华二附中。 1994年，清华大学附属中学与北京47中学手拉手共建清华大学附属中学分校（高中部）。 1999年，清华二附中并入清华附中。 2002年，清华大学附属中学与深圳清华研究院、清华大学附属小学一起在深圳创办了深圳清华实验学校。 2003年，成立民办公助性质的清华大学附属初级中学。 2004年，清华大学附属中学终止同47中的共建，撤销清华附中分校。 2009年，成立清华大学附属中学国际部。